1939年内蒙古与东北交界处的荒漠。抗日英雄华云龙与汉奸土匪交战，发现隶属日军"731部队"的人体试验室"208防疫站"，正在用中国人试验可怕的"二号病毒"并用之制成细菌炸弹。为了粉碎日军阴谋，打击投敌的土匪，华云龙与国民政府特派员周晓英一同深入几股土匪的聚集地五龙镇。周晓英想收编这些土匪为己所用，为此大耍手段。华云龙要消灭土匪和日军试验室，孤军奋战，百折不挠。二人斗智斗勇，又彼此敬佩。最终，华云龙带领抗日武装，与日军和老套筒、东山好等几股土匪展开艰苦卓绝的战斗。大漠深处，铁路线上，208防疫站，处处都是他们的战场。华云龙的勇气和毅力鼓舞着战友们，几番折挫，几番奋起，最后，他带领着同志们与汉奸土匪在五龙镇展开决战，终于消灭了这几股投敌卖国的匪帮，铲除日军试验室，将"二号病毒"烧为灰烬。