奥秘行动组第三季开始，Jonas在逃往巴拿马时被政府刺客盯梢。在华盛顿，Col. Ryan尝试去搞清楚谁是试图拆散奥秘行动组的幕后黑手，想要了解接近本相的答案。在回基地时，Tiffy去监狱看望悲凉的Mack，希望能拯救他们崩溃的婚姻。Kim把孩子安设好之后回到德克萨斯的家。最后，Jonas和他的团队一边逃避被追捕，一边尝试找出奥秘组织崩溃背后主谋的身份。他们还要搜寻被关在隐秘位置受着熬煎的Mack。回到基地，Kim被CIA监视着，Jonas委任她一个很重要的任务.....